โดยสาเหตุหลัก ๆ คือการการหลีกเลี่ยงการจ่ายภาษี ไม่แสดงรายได้ และการจ่ายภาษีไม่ถูกต้องตามความเป็นจริง ซึ่งทำให้ถูกเรียกเก็บภาษีย้อนหลัง นอกจากผู้ประกอบการแล้วในนามของบุคคลธรรมดาก็เช่นกัน ซึ่งหากมีการตรวจพบถึงความผิดปกติว่ามีการเงินไม่ถูกต้อง ก็ต้องมีการตรวจสอบ ท้ายที่สุดก็ต้องโดนภาษี้ยอนหลังนั่นเองค่ะ นอกจากสาเหตุข้างต้นก็จะมีสาเหตุหลัก ๆ ดังนี้ค่ะ

• การจดบันทึกบัญชีไม่ถูกต้องหรือไม่ครบถ้วน เช่น การจดบันทึกบัญชีที่ไม่ถูกต้องหรือไม่ครบถ้วนเป็นสาเหตุหลักที่ทำให้เกิดปัญหาภาษีย้อนหลัง เพราะเมื่อสรรพากรเข้ามาตรวจสอบ หากพบว่าข้อมูลในบัญชีไม่สอดคล้องกับความเป็นจริง ก็อาจนำไปสู่การปรับปรุงบัญชีและเรียกเก็บภาษีเพิ่มเติมได้
• การแสดงรายได้ไม่ครบถ้วนหรือการจงใจหรือไม่จงใจที่จะไม่แสดงรายได้ทั้งหมดที่เกิดขึ้นในรอบปีภาษี ก็เป็นอีกหนึ่งสาเหตุที่ทำให้โดนภาษีย้อนหลัง สรรพากรมีวิธีการตรวจสอบรายได้ของผู้ประกอบการหลายวิธี เช่น การตรวจสอบบัญชีธนาคาร การสอบถามลูกค้า หรือการเปรียบเทียบรายได้กับผู้ประกอบการในลักษณะเดียวกัน
• การใช้สิทธิประโยชน์ทางภาษีผิดประเภทหรือเกินกว่าที่กฎหมายกำหนด เช่น การใช้สิทธิประโยชน์ทางภาษีเป็นเรื่องที่ต้องศึกษาและทำความเข้าใจอย่างละเอียด หากใช้สิทธิประโยชน์ผิดประเภทหรือเกินกว่าที่กฎหมายกำหนด ก็อาจถูกสรรพากรเพิกถอนสิทธิประโยชน์และเรียกเก็บภาษีย้อนหลังได้
• การเปลี่ยนแปลงโครงสร้างธุรกิจ เช่น การเปลี่ยนแปลงโครงสร้างธุรกิจ เช่น การควบรวมกิจการ การแบ่งแยกกิจการ หรือการโอนทรัพย์สิน อาจส่งผลกระทบต่อภาษีที่ต้องชำระ หากไม่ได้ดำเนินการตามขั้นตอนที่ถูกต้องตามกฎหมาย ก็อาจเกิดปัญหาภาษีย้อนหลังได้
• การไม่ยื่นแบบแสดงรายการภาษี คือ การไม่ยื่นแบบแสดงรายการภาษีตามกำหนดเวลาที่กฎหมายกำหนด ถือเป็นความผิดทางภาษี และสรรพากรมีอำนาจในการเรียกเก็บภาษีย้อนหลังได้